1、鮮活貨物。比如活魚、蝦等，因為海運運輸相對其他運輸方式，在時間上更長一些，鮮活類貨物如果使用集裝箱海運的話，在運輸?shù)倪^程中貨物就會變質(zhì)。

2、貨物重量超過集裝箱的最大承重重量的，這種貨物不能通過集裝箱海運。

3、特大尺寸的貨物不能使用集裝箱海運，一些大的配件超高、超寬，這些貨物只能通過散貨船放在船艙或者甲板上來運輸。

4、集裝箱不辦理軍事運輸。部隊或軍工企業(yè)辦理集裝箱海運運輸?shù)模瓷踢\辦理。軍事運輸使用自備集裝箱的，不再按集裝箱運輸條件辦理。

(1)清潔貨物和污穢貨物：可選用雜貨集裝箱、通風(fēng)集裝箱、開頂集裝箱、冷藏集裝箱;

(2)貴重貨物和易碎貨物：可選用雜貨集裝箱;

(3)冷藏貨物和易腐貨物：可選用冷藏集裝箱、通風(fēng)集裝箱、隔熱集裝箱;

(4)散貨：可選用散貨集裝箱、罐狀集裝箱;

(5)動物和植物：選擇牲畜(動物)集裝箱，通風(fēng)集裝箱;

(6)笨重貨物：選擇開頂集裝箱、框架集裝箱、平臺集裝箱;

(7)危險貨物：可選擇雜貨集裝箱、框架集裝箱、冷藏集裝箱。